Isso está funcionando conforme o esperado. O Ext4 e o NTFS usam um modelo de permissão completamente diferente - não há suporte para permissões no estilo POSIX.
Quando você copia o arquivo entre diferentes tipos de sistemas de arquivos que não obedecem aos mesmos padrões, os metadados que não são suportados pelo FS de destino são perdidos.
Isso funcionaria da mesma maneira se você definisse permissões NTFS para um arquivo e depois copiasse para, digamos, a partição ext4.