Sim, você instalou a partir do código-fonte e não instalou um pacote debian, portanto, o dpkg não teria conhecimento disso.
Instalei o GraphicsMagick seguindo as instruções no site e executei as verificações de versão que ele diz e embora eu não tenha certeza se eles foram para verificar se a instalação foi bem-sucedida ou não, mas acho que pelo menos ter terminal para reconhecer o comando gm significa que ele foi instalado com sucesso e além disso eu encontrei um diretório GraphicsMagick no meu /usr/local/include , novamente eu não sei se isso prova alguma coisa. Mas quando eu listo os pacotes instalados com o dpkg -l não está lá.
Agora, eu preciso instalar o Octave e gostaria de saber se ele irá instalar o GraphicksMagick novamente, o que é algo que eu não quero que ele faça. Além disso, agora não consigo removê-lo usando o apt-get remove. Então como posso saber o que há de errado com a minha instalação e se instalar o Octave irá instalar sua própria versão do GM?
Sim, você instalou a partir do código-fonte e não instalou um pacote debian, portanto, o dpkg não teria conhecimento disso.