Eu notei o mesmo problema. Entre outros, é por isso que eu removi o menu global no Ubuntu. Parece funcionar. O Firefox e os outros aplicativos não têm mais um menu global. "Arquivos", também conhecidos como "Nautilus", não possuem uma barra de menu (e nada no menu global), mas como eu me lembro eu nunca precisei (existe algum menu?) Não há mais menu para o Chromium. Mas seriamente: não me lembro se havia algum antes de remover o menu global. Qualquer coisa no cromo parece ser acessível através do botão de menu no lado direito.
Para resumir: até agora tudo parece estar bem com a desativação do menu global.