Isto parece ser porque você acabou de instalar o lado da linha de comando do suporte ao L2TP do NetworkManager.
Para usar a GUI para configurar VPNs L2TP, você precisará instalar o pacote network-manager-l2tp-gnome
da seguinte forma:
sudo apt install network-manager-l2tp-gnome
Depois disso, uma reinicialização de nm-applet
pode ser necessária para fazer o NetworkManager ver a alteração. Para fazer isso, basta executar o seguinte:
killall nm-applet
nm-applet &
disown