Exclua o diretório ~/.config/vlc para remover todas as preferências pessoais:
rm -r ~/.config/vlc
Faça isso enquanto o vlc estiver fechado e você terá uma nova instalação.
Assim, os controles do VLC acabaram, assim como o menu no canto superior da tela. Eu já o reinstalei duas vezes: uma vez com o Ubuntu Software Center e não funcionou, então eu tentei com o terminal com estes comandos:
sudo apt-get purge vlc vlc-nox
sudo apt-get install vlc
Desta forma não funcionou também. Eu estou atualmente no Ubuntu 13,04 (versão de 64 bits) com o driver proprietário Nvidia 313, o sistema também é dual-boot com o Windows. Tudo isso aconteceu hoje após a atualização do sistema operacional, tanto quanto eu sei que não houve problema ontem, deve ter sido a atualização, eu acho. O player em si está funcionando (reproduzindo filmes, retrocedendo, pausando), mas, como mencionado, os menus e controles não estão sendo exibidos, bem como o menu de contexto ao clicar com o botão direito.
Exclua o diretório ~/.config/vlc para remover todas as preferências pessoais:
rm -r ~/.config/vlc
Faça isso enquanto o vlc estiver fechado e você terá uma nova instalação.