Você deve conseguir fazer isso com a opção -w
-w, --word-regexp
at the beginning of the line, or preceded by a non-word
of the line or followed by a non-word constituent character.
por exemplo. as correspondências para seus exemplos são
$ grep -w 'geometry' myfile
geometry.property1
myfunc(geometry)
e as não correspondências
$ grep -vw 'geometry' myfile
geometryMark.property2
mygeometry.property3