Muito difícil ... sem verificação de erros, etc., mas deixarei isso como um exercício de aprendizado:)
Crie isto em / home / yourUsername e chame-o de downloader.sh (como um exemplo) e torne-o executável (chmod + x /home/yourUsername/downloader.sh)
#!/bin/bash
cd /tmp
wget http://myexternalwebsite.com/downloads/filename
cp /tmp/filename /etc/myfolder/filename
Para baixar o arquivo à meia-noite a cada 24 horas, adicione ao seu crontab (crontab -e)
0 0 * * * /home/yourUsername/downloader.sh