A melhor maneira que encontrei de transferir arquivos entre computadores foi acessar o seu computador Ubuntu pelo ssh do computador Windows.
Para fazer isso você pode instalar no winSCP do computador windows ou algum software similar e usá-lo para conectar ao ip do seu computador.
Lembre-se de que você deve ter a porta 22 aberta e você pode usar ifconfig para descobrir qual é o seu IP.