1) É a linha "MimeType" no arquivo da área de trabalho, contendo "x-scheme-handler / mailto;" que faz com que o aplicativo apareça como um manipulador de e-mail preferido.
O recurso "Aplicativos Padrão" dos Aplicativos Preferidos está bastante bem escondido no GNOME 3, como a guia "Aplicativos Padrão" no utilitário "Informações do Sistema".
Considere usar o pacote do GNOME Gmail. Ele cuidará disso para você, integrando seu navegador padrão como o manipulador de mensagens da área de trabalho (Gmail). Ele não manipula o link do calendário - isso exigiria um arquivo adicional da área de trabalho.
4) Você não encontrará melhor tratamento de URL mailto para o Gmail do que o GNOME Gmail (http://gnome-gmail.sf.net). Ele irá funcionar corretamente com Naultilus "Enviar para ...", e ainda suporta Libre Office 'Enviar - > Documento como email ... ".