Presumo por pastas, você quer dizer pastas no seu diretório pessoal, que não são a pasta ~/Ubuntu One/ , ou dentro dela.
Não há como "mesclar" suas pastas em uma única pasta no site. Você pode, no entanto, simplesmente abrir o aplicativo do painel de controle do Ubuntu One no segundo notebook e, sob a guia Folders , selecionar a pasta adicional a ser sincronizada com esse computador também. Uma que você fizer, o cliente baixará a pasta e seus arquivos para o seu notebook.