OK, só para relatar que consertei problema depois de ler alguns tutoriais e muita experimentação, e espero que alguém ache isso útil.
O problema foi que, depois de instalar o trackball, de alguma maneira o mapeamento para os botões de qualquer mouse foi alterado (ou eu cometi algum erro ao instalar o trackball). Então, eu só tive que fazer remapeamento. Primeiro encontrei o dispositivo com
xinput list
execute
xinput get-button-map <device id>
e lembre-se dos números (saída) deste comando. Então eu usei
xev
para verificar qual número é atribuído a qual função e depois substituí esses números pelo mapeamento de botões necessário, usando:
xinput set-button-map <device id> 1 9 3 4 5 6 7 2 8
Você pode precisar brincar e ver qual configuração funciona melhor para você.