Veja crie um slideshow a partir de imagens . Sua sugestão é usar "libx264" para melhor qualidade. As imagens precisam de um número de sequência (isso pode ser o seu problema?)
ffmpeg -framerate 1/5 -i *%03d.png -c:v libx264 -r 30 -pix_fmt yuv420p out.mp4
(aqui% 03 significa uma numeração de 3 dígitos).