Honestamente, não há realmente nenhuma razão para usar a versão Desktop do Ubuntu em um servidor. Especialmente se for usar uma quantidade alta de CPU / RAM / etc. Eu iria instalar o Ubuntu Server e de lá ir. Se você realmente precisar de uma interface gráfica para trabalhar, então você pode instalar um ambiente leve de desktop como XFCE ou LXDE. O Gnome, o KDE ou o Unity são os pesos pesados, então tente ficar longe dos que estão nessa instância em particular. Para obter mais informações sobre ambientes de área de trabalho, leia esta comparação dos ambientes X Window System Desktop .