Estou tendo o mesmo problema com dois dos três flash drives USB. Enquanto um deles (uma unidade flash SanDisk) funciona normalmente, o sistema reconhece os outros dois pen drives (um Lexar e um Kingston) como sendo conectados a portas usb, mas não tenta montá-los por algum motivo.
No entanto, consegui que eles carregassem normalmente reiniciando o computador e selecionando o kernel do sistema operacional anterior no menu do Grub durante a inicialização. O Ubuntu normalmente inicializa usando o kernel mais recente por padrão, mas os kernels anteriores podem ser acessados e usados para inicializar o Ubuntu, selecionando a opção de menu do Grub "Advanced options for Ubuntu".
Se o seu sistema estiver atualizado, o kernel atual no Ubuntu 13.04 (em 1 de setembro de 2013) é o 3.8.0-29 e o anterior é o 3.8.0-27. Se o seu menu grub estiver invisível durante a inicialização porque o Ubuntu é o único sistema operacional instalado, pressionar e manter pressionada a tecla Shift durante a inicialização deve torná-lo visível.
Se a causa do seu problema é exatamente igual à minha, parece estar relacionado à última atualização do kernel. Vou verificar se um relatório de bug relacionado foi arquivado no launchpad.
ATUALIZAÇÃO: O último kernel do Ubuntu 13.04 3.8.0-30 chegou hoje (6 de setembro) e corrige esse problema.