Depois de observar que o problema só acontece quando o botão de energia do hardware é pressionado (o reinício da hibernação funciona bem quando a hibernação foi iniciada a partir da linha de comando ou da GUI do KDE) descobri o script /etc/acpi/powerbtn.sh estava falhando em detectar a presença do KDE. Em teoria, quando esse script detecta a presença de ambientes que lidam com o pressionamento do botão liga / desliga sozinhos, ele é liberado. AFAIK, para o KDE testa a presença do kpowersave, mas está faltando neste sistema, então o script continua e desliga o computador. Isso acontece logo depois que os sistemas retornam da hibernação, porque a execução do script foi congelada quando a máquina entrou na hibernação.
Eu coloquei uma 'saída' no começo do script e agora tudo funciona bem.