Encontrei a solução para o meu problema depois de experimentar um pouco mais:
Eu precisava do script em uma área PATH padrão, porque parece que .bashrc não é executado antes da execução do .desktop Exec. Então, o que isso significa é que, em vez de ter meu script minecraft na minha pasta ~/Desktop/scripts (que é adicionada ao meu caminho em .bashrc ), coloquei o script em /usr/local/sbin .
Então, espero que isso ajude alguém a querer criar um ícone do Minecraft!