O que você está tentando mudar não é na verdade a configuração. Você está editando um pseudo arquivo (uma representação do serviço). O serviço só produz lá.
Para fazer alterações no IPSEC, edite este arquivo:
sudo gedit /etc/ipsec.conf
ou este arquivo para L2TP:
sudo gedit /etc/xl2tpd/xl2tpd.conf
Use este site para referência de configuração: