Não há ações especiais para o servidor Ubuntu ou para outro servidor do sistema operacional, por exemplo. Só sei que a segurança do seu servidor é a segurança dos serviços usados para acessar e realizar operações no seu servidor.
Ferramentas especiais para esta tarefa não são exigidas. A melhor maneira de fazer isso é sintonizar programas especiais para suas necessidades.
Além disso, se você tiver o gui no seu servidor, você pode usar gnome-control-center
onde você pode colocar coisas como apparmor
ou outras tabelas de segurança.