Não está claro por que você está recebendo popups constantes de "O software neste computador está atualizado."
Às vezes, tentar alcançar o mesmo objetivo via linha de comando pode nos dar alguma pista sobre o erro real (ou corrigir o problema!).
Abra um terminal pressionando Ctrl + Alt + T e digite:
sudo apt-get update
espere até o fluxo de texto parar. Copie todos os erros no final, se houver. Em seguida, digite:
sudo apt-get upgrade
espere até o fluxo de texto parar. Copie quaisquer erros no final, se houver algum.
Se isso não resolver o problema, edite a pergunta e inclua os erros que você está recebendo.
Espero que isso ajude