Você pode abrir um arquivo de texto com essa codificação dessa maneira:
gedit --encoding=WINDOWS-1250 myFile.txt
Se você deseja que o gEdit use esta codificação por padrão, você pode alterar a maneira como ele inicia na aplicação do Menu Principal (procure por ele com a Lente). Então vá para:
Aplicações > Acessórios > Editor de Texto
e clique em "Propriedades". Na caixa de texto "Comando", insira o seguinte:
% bl0ck_qu0te%e depois clique em "Fechar" e "Fechar" novamente.