Não, embora os nomes de arquivos e a estrutura de diretórios sejam semelhantes, eles não são exatos nas distribuições. Além disso, as bibliotecas são semelhantes, mas diferentes o suficiente para que você não possa preservar todos os seus arquivos de sistema.
Obviamente, alguns arquivos de sistema serão os mesmos, mas sem similaridade suficiente para fazer como você propõe.
É melhor fazer backup de seus dados em $ HOME e em todos os arquivos de sistema que você editou.
Por que não o dual boot, tente executar uma nova distro ao vivo, veja se você gosta dela. Ou usar virtualização como o KVM ou o Virtualbox?