clique com o botão direito na barra superior com os botões "fechar minimizar minimizar" e selecione sempre no topo.
ou
clique com o botão direito do mouse na guia do terminal na lista de janelas do seu painel e selecione sempre no topo.
Se você quiser torná-lo permanente, você tem que editar a propriedade windows no Compiz Config Setting Manager, ir para o Gerenciamento de Janelas, clicar na opção Window Rules e, em seguida, na parte acima, digite gnome-terminal.
ou você pode mexer nas configurações de metacidades.
ou você também pode obter o aplicativo de terminal do CairoDock ou Screenlet e fazê-lo ficar no topo.