Por padrão, você não poderá acessar as partições do Ubuntu pelo Windows porque o GNU / Linux usa o sistema de arquivos ext4, que o Windows não entende. Se você gostaria de acessar esses arquivos do Windows, há vários utilitários que informam ao Windows como lidar com a família do sistema de arquivos ext. Dê uma olhada em esta página para algumas soluções .
Esta é uma maneira de interpretar a sua pergunta. No entanto, depois de ler sua pergunta novamente, parece que o que você está tentando perguntar é o seguinte:
"Quando eu uso o Ubuntu para salvar um arquivo em um sistema de arquivos, o Windows deve entender, o Windows não pode ler este arquivo. Ajuda!"
Não consigo responder a essa pergunta, mas lembro-me vagamente de ter tido um problema semelhante, e acho que resolvi o problema usando um flash drive diferente. A reformatação da unidade também pode ajudar.