Suponho que o programa tente salvar algo em um diretório do sistema ou em um diretório que você não tenha permissão para gravar.
Você tem duas opções:
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Modifique o programa para salvar o que for salvo em seu diretório pessoal onde você tem permissões de gravação.
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Execute o programa com privilégios elevados (root) usando:
sudo python your_program.py, você terá que fornecer a senha do root toda vez que executar o programa desta forma.