Eu tentaria remover e reinstalar a ferramenta gnome-tweak
sudo apt-get purge gnome-tweak-tool && sudo apt-get install gnome-tweak-tool
Tente também reinstalar o pacote python-gi
sudo apt-get purge python-gi && sudo apt-get install python-gi
Se isso não ajudar, tente aplicar o ajuste encontrado aqui .
Basicamente, abra o arquivo /usr/bin/gnome-tweak-tool
e substitua #!/usr/bin/env python
por #!/usr/bin/python