O arquivo nautilus.desktop da sua lista mostra o motivo:
[Desktop Entry] Name=Files ... translations... OnlyShowIn=GNOME;Unity; Categories=GNOME;GTK;Utility;Core;
Adicionar XFCE a OnlyShowIn fará com que o nautilus apareça como Files em Utility .
Observe que o xfce4-appfinder o encontra mesmo sem essa edição.
Observe também que, se você realmente precisou de sudo para listar o conteúdo de /usr/share/applications , o menu deve ficar vazio.