O arquivo nautilus.desktop
da sua lista mostra o motivo:
[Desktop Entry] Name=Files ... translations... OnlyShowIn=GNOME;Unity; Categories=GNOME;GTK;Utility;Core;
Adicionar XFCE
a OnlyShowIn
fará com que o nautilus apareça como Files
em Utility
.
Observe que o xfce4-appfinder
o encontra mesmo sem essa edição.
Observe também que, se você realmente precisou de sudo
para listar o conteúdo de /usr/share/applications
, o menu deve ficar vazio.