Hmm, isso foi mais fácil do que eu pensava.
- Carregue o Nautilus e vá para Editar → Preferências
- Na guia Exibições, altere o nível de zoom dos Padrões da Visualização de Ícones.
Isso só dá opções de escala de 33, 50, 66, 100, 150, 200 e 400 por cento, portanto, se houver um método absoluto de definir o tamanho, também estou aberto a isso. 66% é um IMO muito reduzido.