O Wubi não é visível para outros gerenciadores de inicialização. É gerenciado pelo gerenciador de boot do Windows, assim você pode instalar o que quiser.
Quando você instala outro SO usando, por exemplo, Grub, ele irá adicionar uma entrada para o novo sistema operacional e Windows. Quando você seleciona o Windows, você terá a opção de inicializar o Wubi.
O Wubi também executa o Grub e quando você atualiza seu grub.cfg , por exemplo, executando sudo update-grub (ou de um gatilho de atualização de pacote), ele verá o outro sistema operacional. Então você verá que o menu do Wubi Grub começa a aparecer (ele é suprimido por padrão) e mostrará o novo sistema operacional nele (não o Windows, que é automaticamente removido).
Como o Grub encontra a instalação do Wubi ao executar o Wubi, mas não ao executar uma instalação normal? Existe um pacote lupin-support que adiciona um script /etc/grub.d/10_lupin e isso adiciona entradas para o Wubi. Você ainda pode inicializar uma instalação Wubi de um Grub normal no seu novo sistema operacional, mas você teria que adicionar manualmente as entradas para ele (não é difícil, já que você pode copiá-las do grub.cfg da instalação do Wubi para as outras instalações /etc/grub.d/40_custom )