Para esclarecer, com base nos seus comentários adicionais:
Se você converteu sua partição do Ubuntu em uma unidade formatada com NTFS, então sim, a instalação do Ubuntu não funcionará mais, independentemente de estar em um disco rígido externo ou não.
Parece que você provavelmente precisará começar de novo. O Ubuntu iria querer (por padrão) uma unidade formatada em ext4.