Posso dar uma resposta para "Por que é mais lento?" O site do Matlab faz os seguintes pontos :
% bl0ck_qu0te%Você pode tentar negar o último ponto executando benchmarks comparáveis para CPU e disco IO, mas a menos que você encontre uma grande falha (por exemplo, você está acidentalmente usando um formato de partição horrível ou seu sistema está mostrando apenas metade da CPU ou você tem CUDA habilitado no Windows, mas não no Linux) os outros dois pontos não são algo que você possa resolver.
O que você provavelmente está vendo no momento é uma realidade cruel: os desenvolvedores dedicam mais tempo à otimização de suas versões do Windows, porque é onde a maior parte do mercado está.
Eu definitivamente sugiro que você fale diretamente com o Mathworks. Eles quase certamente estão cientes de como o Matlab deve se comportar em sistemas de estoque, então se você está se desviando de seus números, pode haver algo errado que eles possam ajudá-lo a se identificar.
E mesmo se você está vendo o que eles esperam, trazendo isso para cima com eles, eles podem estar mais inclinados a corrigir o problema subjacente.