Você está em uma confusão. Eu sugeriria a opção nuclear neste momento, em vez de apenas executar mais coisas como root para tentar descobrir o que deu errado.
sudo rm -rf /root/.git* ~/.git*
Isso deve eliminar todo o lixo que você tem na raiz. De agora em diante, não sudo git
nada. Basta clonar o seu homedir e copiar os arquivos como root, se for necessário. Se você precisar configurar a configuração, sugiro usar somente git config --global variable value
em vez de editar o arquivo de configuração diretamente.