Isso não é incorporado ao shell da mesma maneira que sobrescrever e anexar. Você precisa fazer isso em duas etapas: primeiro remova a última linha e anexe:
X=$(head -n -1 filepath)
echo "$X" > filepath
command >> filepath
Ou você pode substituir o novo conteúdo de uma só vez:
X=$(head -n -1 test)
(echo "$X"; command) > test
Observe que, em ambos os casos, capturamos as linhas antigas que queremos manter em uma variável primeiro como um comando separado. Isso porque, assim que um comando com um ">" diretiva começa a executar, o shell irá limpar o arquivo, e qualquer tentativa de ler essas linhas será tarde demais.