Isso também aconteceu comigo. O que eu fiz sobre isso foi desmarcado chrome (no entanto, pode ser um aplicativo diferente, causando esse problema para você), então fixou o terminal, e que corrigiu todos os outros aplicativos por algum motivo.
No Ubuntu 13.04, depois de uma nova instalação. O Unity não mostra alguns aplicativos em execução na barra de unidades ou ao alternar o aplicativo com a guia Alt +. quando atualizado de 12.10 isso não aconteceu.
Exemplo de aplicativos: terminal, repository-software-manager
Isso também aconteceu comigo. O que eu fiz sobre isso foi desmarcado chrome (no entanto, pode ser um aplicativo diferente, causando esse problema para você), então fixou o terminal, e que corrigiu todos os outros aplicativos por algum motivo.
A solução temporária pode ser usar o Meta + w para acessar todos os aplicativos abertos.