Esse é um bug existente: O Wubi não consegue detectar 12.04.2 e 13.04 AMD64 ISO . Não há alternativa além de esperar que meu patch seja aceito - basicamente você não pode instalar uma versão de 64 bits do Ubuntu usando o Wubi com o ISO (online ou offline).
Se você executar wubi.exe
12.04.2 autônomo (sem ISO) ele funcionará baixando a imagem de disco ou se você baixar a imagem de disco você pode instalá-la off-line desde que você passe o argumento --dimagepath=<path to disk image>
para wubi.exe
como descrito aqui