Essa atualização não deve representar mais um problema do que em um computador anterior ou em atualizações anteriores (por exemplo, 11.04 a 11.10 em um computador baseado em BIOS). É claro que deve não funcionar no mundo real.
Em teoria, você deveria (há essa palavra novamente) ter sido capaz de instalar o Ubuntu 13.04 com Secure Boot ativado; desde a versão 12.10 (incluindo 12.04.2, mas não 12.04), o Ubuntu suportou o Secure Boot. Na prática, isso nem sempre funciona, embora eu não tenha estudado os problemas de inicialização segura do Ubuntu com detalhes suficientes para saber por quê. Certamente, não há necessidade de ativar o Secure Boot para uma atualização; Existem muitos sistemas EFI / UEFI que não possuem o Secure Boot completamente, então seria insano dos desenvolvedores do Ubuntu exigir que o Secure Boot esteja ativo em futuras atualizações. Se você estiver inicializando com o Secure Boot desativado, uma atualização ainda deverá funcionar com o Secure Boot desativado.