Uma reformatação, por natureza, destrói todos os dados em um disco. Não há como evitar isso.
Se você precisar alterar o sistema de arquivos (por exemplo, de FAT para NTFS ou alguma outra alteração - presumo que algo nesse sentido é a natureza da sua pergunta?), então sua melhor aposta seria fazer o backup de tudo em outro dispositivo e depois copie de volta após a reformatação.