OK, eu encontrei uma solução, embora seja um pouco complicado. Eu configurei meu driver gráfico para uma configuração de vários monitores. Desta forma, cada "monitor" é representado como uma tela X separada. O Ubuntu Unity não funciona muito bem com isso, já que atualmente espera uma configuração do XrandR com uma única tela virtual. No entanto, apagando as informações de localização de tela relativas do meu xorg.conf, Unity está ignorando a segunda tela completamente. Agora, posso criar um contexto OpenGL em tela cheia na segunda tela X sem qualquer interferência do sistema operacional. O topo do meu xorg.conf tem esta aparência:
Seção "ServerLayout" Identificador "layout de amdcccle" Tela 0 "Amdcccle-Screen [5] -0" 0 0 Tela "Amdcccle-Screen [5] -1" EndSection
Na configuração de vários tipos de tela antiga, a segunda tela teria especificadores de posição (por exemplo, 1920 0 ou "Direita da tela 0"). Ao removê-los, a segunda tela é ignorada.