O processo básico parece exportar suas anotações do Tomboy para html: Ferramentas > Exportar
Em seguida, use o email para enviar os arquivos para sua conta do Evernote. As instruções para usar o e-mail para importar notas são aqui neste artigo de suporte do Evernote .
As notas em si são armazenadas como arquivos XML individuais em ~/.local/share/tomboy
, por isso é possível convertê-las para qualquer forma que você precisar por meio de seus próprios scripts, se a Exportar não fornecer exatamente o que você necessidade.