Sim, é um bug e acontece comigo também em 12.04.2 .
O problema parece acontecer somente quando se usa um tamanho de fonte grande (pelo menos comigo). Então, para contornar isso, você pode selecionar um tamanho de fonte menor ou usar outra fonte monoespaçada. No meu sistema com "Ubuntu Mono" os números de linha são mostrados corretamente até o tamanho 30, enquanto que o monoespaçado é cortado em 24.