Eu não consegui reproduzir isso (todas as minhas letras gregas politônicas são do tamanho certo), mas esse problema acontece quando a fonte não tem o glifo específico necessário e o padrão é uma fonte de backup para fornecer glyph. Nem todas as fontes Unicode possuem todos os glifos necessários para um idioma específico. O tamanho maior para um ou dois caracteres é comum com fontes do Windows quando o glifo ausente é extraído do Tahoma ou o equivalente.
Você não mencionou a fonte específica que está usando, mas a solução normalmente é encontrar uma fonte livre especializada que tenha todos os glifos necessários, como Galatia SIL para o grego politônico.