Você precisa exportar a variável path para cada início novamente. Isso pode ser feito no arquivo .bashrc ou .profile na pasta base.
A propósito: este não é o site certo para fazer essas perguntas, faça aqui: link
Dê uma olhada:
Eu segui as etapas ilustradas neste link link mas depois que reiniciei meu sistema (Ubuntu 12.10) O classpath se desassocia. Como posso torná-lo mais permanente?
Você pode editar o arquivo .bash_profile do diretório inicial e definir o caminho de classe como:
export CLASSPATH=...