No Ubuntu 12.04, o seu rc.local deve ser de propriedade do root. É executado pelo root, na inicialização.
Você pode usar o sudo -u <user> <command>
para executar as tarefas como outro usuário no rc.local, mas admito que, em praticamente todos os casos de uso do rc.local, achei muito mais simples usar os Programas de inicialização. em vez disso.
Suponho que sua milhagem possa variar. Receio não saber por que o seu rc.local pertence ao seu usuário.