Eu encontrei a correção para isso, eu digitei este comando no terminal:
sudo dpkg -i --force-overwrite /var/cache/apt/archives/elementary-theme_3.2-0~r601+pkg289~quantal1_all.deb
Então eu re-digitei o comando anterior:
sudo apt-get -f install
Então tudo voltou ao normal e agora tudo está funcionando bem.