Para reiniciar a sessão X, é tão simples quanto rodar:
sudo restart lightdm
É um pouco estranho que não esteja fazendo isso por você. Certamente costumava, mas eu acho que a transição para lightdm e upstart deixou um pouco menos à prova de bala do que antes.
Se isso reclama de não conseguir encontrar um trabalho em execução, basta executar sudo start lightdm
.
Para ficar claro, quando X morrer, você perderá tudo da sua sessão gráfica. Reiniciar não irá magicamente restaurar todos os aplicativos que estavam em execução, no mesmo estado.