Você usou o wubi para instalar o Ubuntu? Se sim, você deve esperar por algum tempo toda vez que você inicializar o Ubuntu. A linha de comando que você falou deve ter algo parecido com isto:
(hd0,00) NTFS5: Não wubildr
Agora você deve esperar e vai abrir depois de algum tempo.
Espero que você tenha achado isso útil.