Você pode dar mais detalhes sobre sua instância do MySQL? Qual versão você usa? Você pode ver a versão exata ao iniciar o cliente mysql. Próxima pergunta, qual mecanismo de armazenamento você usa? E finalmente, quais são as configurações em /etc/mysql/my.cnf? Normalmente, com as configurações padrão, o servidor não está configurado para uso sério. Você precisa configurar o servidor de acordo com as necessidades do seu aplicativo para que ele seja executado rapidamente. BTW eu tenho uma máquina semelhante i7, 8 Gb de RAM, Ubuntu 12,04 LTS e funciona perfeitamente.
Como você disse, abrir o arquivo em gedit ou kate também é lento pode indicar um gargalo na io.
ext3 não é recomendado para o MySQL. Use ext2 ou até mesmo melhor XFS. O ext3 é conhecido por ser lento com o MySQL.