Se bem entendi, você tem o Windows e o Ubuntu instalados no seu PC. Agora, você quer mudar para o Ubuntu completamente.
Se você já fez um backup de seus arquivos importantes no disco rígido externo, você pode simplesmente aumentar o tamanho da partição do ubuntu pelo Gparted.
Se a sua partição do ubuntu for NOT na primeira partição, então você terá que reinstalar o Ubuntu, formatando e usando uma nova partição para todo o disco rígido
Para mais informações sobre o GPARTED, verifique o link