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Um sistema atualizado do Windows 10 pode ver várias partições em uma unidade USB.
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Mas as versões anteriores do Windows (XP, Vista, 7, 8) podem ver apenas a primeira partição em uma unidade USB. Esse também é o caso das versões anteriores do Windows 10 (que não foram atualizadas com os pacotes de programas relevantes).
Se você tem um sistema Windows, que só pode ver a primeira partição em uma unidade USB, você deve fazer a partição, que você quer que o Windows veja, 'partição # 1' (número 1) na partição table. Não precisa estar localizado no início do espaço da unidade (no 'head end' da unidade).
Quando você cria uma tabela de partições em uma unidade USB, pode começar criando a partição que deseja que o Windows também veja. Então será 'partição # 1'. Você pode usar gparted
para essa finalidade.