Você pode usar um Live-CD do Ubuntu para instalá-lo. No menu de partições você tem que formatar sua unidade E para um sistema de arquivos Linux como ext4 (padrão).
O Ubuntu instalará um carregador de inicialização (GRUB) e adicionará a instalação do Windows a ele. Na inicialização, você pode escolher qual sistema operacional deseja inicializar.
O Wubi é possível, mas não é necessário na sua configuração.
Isso pode ajudar você a instalar o gnome3: Como instalar e usar a última versão do GNOME?