Eu não acho que o Ubuntu tenha uma funcionalidade de execução automática própria. Somente montagem automática e mostrar a unidade no explorador de arquivos. Vinho pode ter algum tipo de cenário para isso, no entanto. Eu sei que você pode adicionar unidades de CD-ROM para ele. Então, talvez você possa adicionar essa unidade a ela.
Você só precisa fazer a mesma coisa que a execução automática faria? Normalmente você pode apenas olhar para os arquivos e executar qualquer lista autorun.inf como o executável de execução automática.
Tenha em atenção que, se estiver a tentar instalar o HTC Sync, não sei se funciona no Wine. Você não precisa disso para drivers de desenvolvimento no Linux, ou para montar telefones como armazenamento. Nenhum driver é necessário.
Se você estiver tentando usar a interface de transferência de mídia, talvez valha a pena tentar executá-la. Embora a HTC tenha um link de download para o HTC Sync, que será a versão mais recente e é melhor usar do que a versão em um determinado dispositivo:
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